饮食（精制糖、精制碳水化合物、超加工食品、食物过敏原和不耐受的食物等等），压力（睡眠问题、学习和生活压力等）和环境毒素（工业化学品、重金属等）这些都会导致肠道通透性增加，在这种情况下，肠壁细胞之间的紧密连接发生松动甚至打开，导致未完全消化的食物颗粒和一些细菌、毒素等本不该穿过肠壁的物质逃逸出去。等在肠壁另一侧的是免疫系统，因此这些物质会引发免疫反应，即炎症。这些因素也会破坏肠道菌群平衡，而不平衡的肠道菌群反过来又会进一步破坏肠道，形成恶性循环。

肠道功能失调也使得肠道和肠道菌群无法产生大脑正常运作所需的正确类型和数量的神经递质物质和其它生化物质，导致大脑功能失调。