益生菌对过敏性疾病，包括过敏性鼻炎的作用，主要来自肠道菌群跟先天性免疫系统和适应性免疫系统的双向沟通（crosstalk），从而影响免疫系统的敏感度和炎症。益生菌调节了控制炎症的TReg细胞，益生菌在肠道也影响树突细胞，促使辅助性T细胞从Th2型往Th1型转变，改变了跟炎症有关的细胞因子的比例。所以益生菌可以有效调节免疫系统紊乱导致的过敏反应。
2016年一项关于过敏性鼻炎和益生菌的荟萃分析, 包括了一共22个双盲对照组临床研究，当中17个显示益生菌对鼻炎有显著的改善，8个显示免疫系统的炎症指标同时显著改善，5个是关于副干酪乳杆菌的，都显著该菌株对鼻炎病征有明显改善。研究的结论是尽管不同临床研究的差异性较大，但益生菌对改善过敏性鼻炎病征的作用明显，特别是副干酪乳杆菌LP-33菌株。
