1） 肠神经元的树突、轴突和免疫细胞呈密切接触关系，但是又没有直接接触。这点不同于神经元的效应细胞，它们并不会形成突触结构，而是以轴突和免疫细胞紧密接近，后者通过释放多种不同的炎症因子来对肠神经系统发挥作用。

2） 分布于肠道周围的佩耶氏淋巴结有非常丰富的神经支配，比黏膜的其它地方都要多。这说明神经系统对免疫系统有强大的影响力。

3） 神经免疫回路：在胃肠道粘膜里，很多神经和局部的免疫细胞并列排布，形成神经免疫单元。这些单元不但独立引发反应，而且会交流信息以形成神经免疫轴，这个过程受肠道菌群调节。这种信息轴可以调节胃肠道的屏障，免疫和宿主保护。

可以说，肠神经系统和免疫细胞的互动是肠道生理功能的调节枢纽。比如当某部位出现炎症的时候，人体会感到疼痛，就是因为免疫细胞释放的炎症因子会刺激在它周围的神经末梢，这种疼痛和炎症的关系显示了神经系统和免疫系统的相互作用。

大自然在创造生命的时候就考虑到了这点。有炎症的存在说明身体有问题，这一点必须让大脑知道。所以才创造出了炎症反射这种神经免疫回路。这个过程有迷走神经参与，TNFα分泌调节。

肠道的神经支配主要起源于黏膜下神经元（包括感受神经元），这些神经元主要用来探测入侵的致病原，调节滤泡的血液供应。