肥大细胞主要出现在固有层和黏膜下丛，它们和小肠神经有密切关联。

有很多人会出现食物不耐受现象，也就是吃了某些食物之后感觉到胃肠道特别不舒服。这其中肥大细胞扮演着重要的角色。

未经完全消化的蛋白质在穿越肠道上皮细胞进入人体真正的体内以后，会首先碰到肠道周围的免疫细胞，包括淋巴细胞，肥大细胞等等。

肥大细胞它一旦被激活，会迅速的去颗粒化，可以释放炎症因子，包括组胺，5羟色胺，类胰蛋白酶等等。这些炎症因子可以被密切相连的神经末梢所捕获，信息随之传递到大脑里，让人体感觉到内脏痛。

肥大细胞跟神经元的交互作用跟食物过敏中的炎症和疼痛有关系。

在食物免疫反应模型中，刺激迷走神经会限制过敏反应的严重程度，特别是通过对肥大细胞的抑制。