下丘脑-垂体-肾上腺轴（hypothalamic-pituitary-adrenal axis, HPA）是下丘脑、垂体和肾上腺之间复杂的双向通信网络。HPA轴作为主要的神经内分泌系统，控制对压力的生理反应并调节各种身体功能，如消化、情绪等。
有趣的是，一些研究表明，HPA轴对压力的应答也受到肠道菌群的调控。与无特定病原体（specific-pathogen-free, SPF）小鼠相比，无菌（GF）小鼠在束缚应激下展现出更高的HPA轴活性。然而对GF小鼠补充婴儿双歧杆菌可以降低HPA轴活性。此外，在早期阶段，将SPF小鼠的粪便菌群移植到GF小鼠可以减轻GF小鼠增强的HPA轴反应，这表明在早期发育阶段，正常的肠道菌群组成对于正常的HPA应激反应发展是必需的。
此外，益生元和益生菌干预也使HPA轴功能正常化，并有益于健康志愿者的精神状态。未来有必要研究肠道菌群干预是否可以使精神病患者的HPA轴功能正常化。
