与传统脱敏治疗相比，快速脱敏治疗发生全身过敏反应的风险增加，尽管大多数的全身过敏反应比较轻微。这种全身过敏反应多集中在常规期，一般发生在接近最高或正值最高注射浓度时。在快速脱敏治疗前预先给予药物处理可减轻治疗时可能出现的全身过敏反应。接受集群治疗的患者应在每次注射前15分钟-2小时内给予口服H1型抗组胺药，接受冲击治疗的患者除了H1和H2抗组胺药外，建议最好给予口服糖皮质激素，有些方案还要求使用抗白三烯药物，一般在冲击治疗的前三天开始给药。奥马珠单抗也有用于快速脱敏治疗中的报道，针对花粉过敏原的冲击治疗中，治疗前9周与治疗后12周给予奥马珠单抗皮下注射，全身过敏反应的风险明显降低，由于奥马珠单抗的价格昂贵，需要考虑成本效益比。值得注意的是，花粉季节进行脱敏治疗，会增加全身过敏反应的风险，因而，花粉过敏的患者不宜在花粉高峰期进行快速脱敏治疗。